Fue el capuchino Fray Isidoro de Sevilla, quien dio a conocer la obra y la misión de esta advocación en la Iglesia con el título de María, Madre del Buen Pastor. 

Este gran devoto de la Virgen María, una noche del mes de junio de 1703, tuvo no se sabe si “un sueño misterioso, un éxtasis, una inspiración divina, o una simple idea de representar a la Virgen vestida de humilde pastora”, cosa que llevó a cabo por encargo suyo el pintor Don Miguel Alonso de Tovar. En esa pintura, está la santísima Virgen sentada sobre una roca bajo un frondoso árbol desde cuyas verdes ramas le saludan las avecillas del bosque. Es encantadora su sonrisa y mueve a devoción la piedad y ternura con que mira a una oveja blanca que acaricia con su diestra. Una airosa toca cubre parte de sus rizados cabellos que descansan sobre una pellica sujeta por un cinturón de piel. Todo su traje es el de una Pastora humilde, pero hace su cuerpo tan hermoso y galán que parece aquel que describiera el “Cantar de los Cantares”. Allá a lo lejos se ve entre celajes a una oveja errante acometida por el lobo del infierno, que el ángel del Señor, radiante de hermosura, defiende con su espada de fuego. 

Así la contemplaron por primera vez los ojos atónitos de millares de sevillanos en la procesión por la ciudad hispalense el 8 de septiembre del año 1703, quienes veneraron esta imagen inédita de la Virgen. 
Desde entonces, la devoción a la Santísima Virgen bajo el título de “María, Madre del Buen Pastor” se propaga por España y América en la segunda mitad del siglo XVIII, bajo el impulso determinante del Beato Diego José de Cádiz, también capuchino, que mereció ser llamado “el segundo autor de la devoción”. 

Después del paréntesis de la supresión de las órdenes religiosas en España por decreto de la desamortización de Mendizábal en 1835, restaurada la Orden Capuchina y restablecidas sus misiones en América a mediados del siglo XIX, la devoción a la Madre del Buen Pastor florece de nuevo en España y se implanta en Italia y en otras naciones europeas y americanas por mérito de ilustres misioneros, escritores y predicadores, entre los que merece destacarse el Venerable P. Esteban de Adoáin, capuchino. 

Con el voto del Capítulo general celebrado en 1932, a propuesta de los Padres Capitulares de lengua española, la Santísima Virgen María bajo el título de “Madre del Buen Pastor” es declarada patrona universal de todas las misiones de la Orden. Es importante recordar el compromiso misionero que en las Constituciones cita: “Encomendemos esta gran tarea a la intercesión de la Bienaventurada Virgen María, Madre del Buen Pastor, la cual engendró a Cristo, luz y salvación de todas las gentes y presidió orando, la mañana de Pentecostés, los comienzos de la evangelización, bajo la acción del Espíritu Santo”.

La capilla que acoge a María, Madre del Buen Pastor en esta Basílica de Jesús de Medinaceli, expone una talla preciosa en madera policromada que, fue inicialmente entronizada solemnemente en la iglesia de san Antonio del Prado en mayo de 1818. Allí permaneció hasta 1890 en que fue llevada a la parroquia de san Martín hasta que en 1955 se devuelve a esta iglesia en propiedad. En opinión de los expertos, esta imagen es la mejor y de más mérito de cuantas se veneran en España con este título, aunque por desgracia se desconoce el autor de la obra.