Fue y sigue siendo un evangelio viviente, un modelo de cristiano pobre y humilde, hermano de todos, alegre y festivo, enamorado de Dios y de todas las criaturas. 

Francisco comenzó su conversión buscando a Dios en la soledad de las ermitas, en los campos y en los bosques. Cuando se visita en Italia los llamados lugares franciscanos, uno se queda asombrado al recordar cómo Francisco se retiraba con frecuencia cuarenta días, como Cristo, para vivir a solas con Dios en el silencio de los eremitorios y montañas, lejos del mundo y de los hombres. Vivía una oración personal, a solas con Dios, meditando los misterios de la vida de Cristo. Una oración de adoración y de alabanza, bendiciendo sin cesar el amor de Dios a los hombres.

En sus escritos encontramos testimonios como estos:
“Hay que desear tener sobre todas las cosas el espíritu del Señor y su santa operación, y orar continuamente al Señor con un corazón puro”. Francisco se dejó guiar siempre por el Espíritu del Señor. A través de tantas horas de oración, Francisco quedó convertido en otro Cristo, en una imagen de Cristo pobre y crucificado. Necesitamos ser hombres contemplativos. Tenemos el peligro de caer en el activismo, en la preocupación por hacer cosas. Sin esa unión con Dios, seremos cristianos vacíos y mediocres, como campanas que suenan.

A Francisco le entusiasmaba vivir retirado, disfrutando de Dios, en la soledad de la oración, pero un día oyó la voz del Crucifijo de San Damián que le decía: “Francisco, repara mi Iglesia que amenaza ruina”.  El Señor quería renovar la iglesia medieval de su tiempo  por medio del testimonio de Francisco.
En otra ocasión escuchó aquel evangelio en que Jesús manda a sus discípulos de dos en dos a predicar la Buena Noticia y les dice que no lleven nada para el camino, ni alforja, ni dinero, ni sandalias.... Y entonces, dicen sus biógrafos que exclamó: “Esto es lo que yo quería, esto es lo que yo buscaba, esto es lo que yo deseaba con todo mi corazón...”
Fue un gran apóstol y evangelizador de su tiempo. Recorría los pueblos y aldeas, predicando el evangelio, por las iglesias y las plazas. Anunciaba a Cristo con el ejemplo de su vida. Decía que el mejor sermón se llamaba “Fray Ejemplo”. Dice su biógrafo Celano: “Era su persona entera la que predicaba”.

De él se ha dicho que ha sido el primer cristiano verdadero después de Jesucristo. No cabe mayor elogio aplicado a persona humana. Fue un hombre siempre alegre, como lo puede atestiguar Fray León, afortunado oyente de la exposición de la Perfecta Alegría. Tan alegre, que con el cuerpo roto y llagado exhortará: “Hermanos, no os mostréis tristes por fuera y sombríos como hipócritas, sino alegres en el Señor, alegres y graciosos, sin faltar al decoro”.

En la parte derecha del crucero está el altar dedicado a san Francisco de Asís. Es el altar donde se adoró a Nuestro Padre Jesús hasta 1922. Es todo él de mármol jaspeado que se extrae de la sierra de Araceli, término de la ciudad de Lucena en Córdoba propiedad de los Duques de Medinaceli. La imagen de san Francisco de talla y estofada, es obra del escultor Julio Vicent, realizada en los talleres Félix Granda en 1939. A los lados se han colocado las tallas de los patronos de la Orden Franciscana Seglar: San Luis, rey de Francia, de Francisco Font, y Santa Isabel, reina de Hungría, de Tomás Pérez Lacruz. Desde mayo de 1940 se venera también en este altar una imagen de la Virgen del Pilar, Patrona de los Jueves Eucarísticos.